1751 drohte ein nachhaltiger Streit die Gemeinde zu spalten und führte zu einem Bedeutungsverlust traditioneller jüdischer Institutionen und Strukturen. Der Sohn des früheren Oberrabbiners, Jakob Emden, unterstellte dem neuen Oberrabbiner Jonathan Eibeschütz, er sei ein geheimer Anhänger der messianischen Bewegung des Sabbatai Zwi. Als vermeintlichen Beweis führte Emden die Texte von Amuletten an. Diese hatte Eibeschütz an Frauen im Wochenbett ausgegeben. Daher der Name Amulettenstreit. Der Streit zog immer größere Kreise. Im In- und Ausland formierten sich für beide Seiten Unterstützer unter den Rabbinern und Gelehrten. Die Dreigemeinde belegte Jakob Emden mit einem Bann. Der dänische König schaltete sich ein und es kam zu einem Prozess vor dänischen Gerichten. Gutachten christlicher Experten sprachen Eibeschütz vom Vorwurf frei. Zu ihren Lebzeiten wurde der Disput jedoch nicht beigelegt.
